A l'emplacement de la première synagogue érigée en 1721, fut construite en 1822 une synagogue nouvelle, elle-même rebâtie en 1858 parce qu'elle menaçait ruine, puis restaurée en 1872.
Endommagée durant la deuxième guerre mondiale, elle fut detruite après la Libération. On construisit une maison d'habitation sur ses fondations.
La synagogue de Mertzwiller était semblable à celle de Reichshoffen sur le plan architectural.
Il existait, à Molsheim une communauté au 14ème siècle, détruite en 1349. Il en subsiste une inscription lapidaire.
Ce n'est qu'au cours du 19ème siècle que des Juifs retournèrent à Molsheim. Mais la communauté ne possédera jamais de synagogue, se contentant d'un local loué. Au cours de la dernière décennie, la municipalité a accordé à la communauté une pièce qui sert d'oratoire, dans l'enceinte du centre culturel.
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